Bayinnaungs burmesische Armee nahm am 7. August 1569 nach
fast achtmonatiger Belagerung Ayutthaya ein. Burma brandschatzte die Stadt,
setzte König Mahinthrathirat ab und den ehemaligen Gouverneur von Phitsanulok,
Maha Thammaracha, als Marionette ein. Mahinthrathirat sollte als Gefangener nach
Burma gebracht werden, verstarb aber auf dem Weg dorthin. Der 14-jährige Sohn
Maha Thammarachas, Naresuan, wurde auch als Geisel nach Burma gebracht. Er
kehrte im Jahre 1571 zurück, und sein Vater entsandte ihn in den Norden, um
Phitsanulok zu regieren.
Im Oktober begann Bayinnaung ein Vergeltungsinvasion in Laos
und besetzte erneut Vientiane. Setthathirat verlagerte seine Truppen in die
Dschungel und begann einen Guerillakrieg gegen Burma. Seine Versuche waren
erfolgreich, und im April 1570 musste Burma Ayutthaya aufgeben. Nach dem Tode
Setthathirats kehrte man vier Jahre später zurück und besetzte erfolgreich den
größten Teil des Landes.
Im selben Jahr drang Kambodscha in die östlichen Provinzen
Thailands ein. Es machte sich die ernsthafte Schwäche Ayutthayas zunutze, um
sich Bodenschätze und Sklaven für das Heimatland anzueignen. In den nächsten
zwölf Jahren wiederholte Kambodscha diese Angriffe vier weitere Male und einmal
wurde zeitweilig die Provinz Phetburi besetzt.
Bayinnaung starb nach einer Regierungszeit von 30 Jahren im
Jahre 1581. Sein Nachfolger wurde sein Sohn Nanda Bayin. Obwohl Burma stark
blieb, hatte Nanda Bayin doch nicht die militärischen Fähigkeiten seines
Vaters. Nachdem Burma 1583 aus Laos vertrieben wurde, entschloss er sich die
Loyalität seines Vasallenstaates Ayutthaya zu prüfen, indem er Prinz Naresuan
zu einem Treffen in Burma aufforderte.
Naresuan, der von einer kleinen Truppe begleitet wurde,
erreichte den Salween Fluss, bevor er entdeckte, dass das Treffen eine Falle
war. Er zog sich nach Ayutthaya zurück und im Mai 1584 erklärte er im Namen
seines Vaters König Maha Thammarachas erneut die Treue zu Burma.